Die Hormonbehandlung dient der “Feminisierung” bzw. “Maskulinisierung” des Körpers. Dazu werden Hormone (Östrogen und Testosteron) gegebenenfalls mit Antiandrogenen (hemmen die “männlichen” Geschlechtshormone) verabreicht. Die Ausprägung der Veränderungen ist u.a. abhängig von individuellen Voraussetzungen. Bei Jugendlichen werden meistens zunächst Pubertätsblocker verschrieben, die vor allem die unumkehrbaren Auswirkungen der Pubertät stoppen sollen und einem somit mehr Zeit verschaffen.